Hai bài của Báo Chính phủ ngày 29 tháng 10 cùng nói một hướng: hải quan cắt thủ tục ở đầu quy trình và chuyển sức nặng sang cuối quy trình. Thông quan tập trung thí điểm từ ngày 1 tháng 6 năm 2026 tại Chi cục Hải quan khu vực 3 đã rút thời gian thông quan bình quân khoảng 12% so với tháng 5, đi cùng mô hình tăng kiểm tra sau thông quan. Hàng đi nhanh hơn, còn hồ sơ phải chịu được việc soi lại. Có hai việc doanh nghiệp tự làm được: biết hồ sơ của mình bị xem lại khi nào, và sửa sai đúng mốc để khỏi bị phạt.
Cái gì đã chạy, cái gì còn là kế hoạch
Trước khi tính chuyện hồ sơ, cần tách quy định đã có hiệu lực khỏi kế hoạch. Theo hai bài của Báo Chính phủ và lộ trình pháp lý hiện hành:
| Nội dung | Tình trạng |
|---|---|
| Thông tư 121/2025/TT-BTC: chọn nơi làm thủ tục nhập nguyên liệu rộng hơn, một số hồ sơ giấy chuyển thành chỉ tiêu thông tin | Có hiệu lực từ 1/2/2026 |
| Nghị định 273/2026/NĐ-CP và Thông tư 82/2026/TT-BTC về hàng miễn thuế (thông báo hải quan; sau 10 ngày làm việc không có ý kiến thì tự công bố địa điểm) | Đã ban hành |
| Thông quan tập trung | Thí điểm ở một chi cục |
| Chatbot AI | Công cụ nội bộ cho cán bộ hải quan, thử nghiệm từ 1/2 đến 20/4/2026 |
| Cửa khẩu thông minh Việt Nam, Trung Quốc | Đang chuẩn bị khung pháp lý, dữ liệu, hạ tầng; chưa công bố cửa khẩu hay ngày |
| Hệ thống Hải quan số tổng thể | Dự kiến vận hành chính thức tháng 12 năm 2028 |
| Luật số 11/2026/QH16 (Luật Hải quan sửa đổi) | Thông qua 27/8/2026, hiệu lực 1/3/2027 |
Cho đến ngày Luật 11/2026/QH16 có hiệu lực, văn bản gốc vẫn là Luật Hải quan 54/2014/QH13. Điều 17a mới của luật sửa đổi về quản lý tuân thủ bằng công nghệ số, dữ liệu lớn và AI mới ở mức khung nguyên tắc, chưa có văn bản hướng dẫn. Doanh nghiệp chưa thể áp dụng nó thay cho khung quản lý rủi ro hiện hành.
Luồng xanh không phải vé an toàn
Hệ thống VNACCS phân tờ khai vào một trong ba luồng theo Thông tư 81/2019/TT-BTC: luồng xanh chấp nhận thông tin khai, luồng vàng kiểm tra hồ sơ, luồng đỏ kiểm tra hồ sơ và thực tế hàng hóa. Việc phân luồng dựa trên mức rủi ro tính từ lịch sử tuân thủ của doanh nghiệp, đặc điểm mặt hàng và tuyến vận chuyển, cộng một chỉ số chọn ngẫu nhiên. Vì vậy hai công ty nhập cùng mặt hàng trong cùng ngày có thể ra hai luồng khác nhau, và cùng một công ty cũng có thể ra luồng khác nhau giữa hai lần.
Luồng chỉ quyết định mức kiểm tra tại thời điểm thông quan. Kiểm tra sau thông quan là chuyện khác: theo khoản 3 Điều 77 Luật Hải quan 54/2014/QH13, thời hiệu là 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai, và áp dụng cho mọi lô hàng đã thông quan, kể cả luồng xanh. Lô hàng thông quan trót lọt năm 2023 vẫn có thể bị mở lại năm 2026. Khi thông quan tập trung nhân rộng và trọng tâm kiểm tra dịch về phía sau, đây là chỗ doanh nghiệp cần chú ý nhất.
Ba cửa dẫn tới một cuộc kiểm tra
Kiểm tra sau thông quan không chỉ đến khi có tố cáo. Có ba căn cứ chính:
| Căn cứ | Đặc điểm | Phạm vi thường gặp |
|---|---|---|
| Có dấu hiệu vi phạm | Xuất phát từ tin báo hoặc chênh lệch khi đối chiếu dữ liệu | Hẹp, đúng nghi vấn |
| Đánh giá mức độ tuân thủ | Dựa trên quản lý rủi ro, không cần dấu hiệu vi phạm | Rộng, cả giai đoạn |
| Kế hoạch, chuyên đề | Cơ quan hải quan chọn theo nhóm hàng hoặc loại hình | Rộng, nhiều doanh nghiệp cùng nhóm |
Đối tượng của cuộc kiểm tra luôn gắn với các tờ khai cụ thể, khác với thanh tra thuế nội địa xem xét hoạt động kinh doanh nói chung. Kiểm tra có thể diễn ra ngay tại trụ sở cơ quan hải quan dựa trên hồ sơ đã nộp, hoặc đoàn kiểm tra đến trụ sở doanh nghiệp để xem sổ sách, chứng từ kế toán. Nếu phát hiện sai lệch ảnh hưởng số thuế, hậu quả là truy thu thuế, tiền chậm nộp và có thể cả xử phạt theo Nghị định 169/2026/NĐ-CP.
Ông Trần Quốc Định, Ban Đổi mới và Chiến lược hải quan, nói dữ liệu hiện còn phân tán ở nhiều hệ thống và hướng xử lý là xây cơ sở dữ liệu tập trung.
Phát hiện sai thì sửa vào mốc nào
Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC, đã được thay thế bởi khoản 8 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC (hiệu lực 1/2/2026), cho phép khai bổ sung theo bốn mốc: trước khi hải quan thông báo kết quả phân luồng; sau phân luồng nhưng trước thông quan, có bị xử lý theo quy định; trong 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước khi hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan; quá 60 ngày hoặc sau quyết định kiểm tra, vẫn khai bổ sung nhưng bị xử lý nếu có vi phạm. Nội dung về giấy phép và kiểm tra chuyên ngành thì sau thông quan không được khai bổ sung. Hải quan phải xử lý hồ sơ khai bổ sung trong 02 giờ làm việc kể từ khi nhận đủ, nên người khai cần theo dõi phản hồi trên hệ thống thay vì nộp rồi chờ.
Mức phạt khai thiếu thuế đi theo cùng các mốc, theo Nghị định 169/2026/NĐ-CP:
- Không phạt nếu khai bổ sung trước khi hải quan thông báo kiểm tra trực tiếp hồ sơ, hoặc trong 60 ngày kể từ thông quan và trước quyết định kiểm tra sau thông quan (điểm a khoản 2 Điều 7).
- Phạt 10% số thuế khai thiếu nếu tự khai bổ sung sau các mốc đó nhưng trước quyết định kiểm tra (khoản 2 Điều 10).
- Phạt 20% số thuế khai thiếu nếu cơ quan hải quan phát hiện (khoản 3 Điều 10).
Ví dụ giả định: một đơn giá sai, ba kết cục
Ví dụ giả định: kế toán của một công ty nhập khẩu phát hiện đơn giá trên một tờ khai đã thông quan bị khai thiếu một chữ số, làm số thuế khai thiếu là 200.000.000 đồng. Nội dung sai không liên quan giấy phép hay kiểm tra chuyên ngành.
| Thời điểm xử lý | Hải quan đã quyết định kiểm tra? | Tiền phạt khai thiếu thuế |
|---|---|---|
| Ngày thứ 10 sau thông quan: khai bổ sung và nộp thuế còn thiếu | Chưa | 0 đồng |
| Ngày thứ 90, tự khai bổ sung | Chưa | 10%, tức 20.000.000 đồng |
| Hải quan phát hiện khi kiểm tra | Rồi | 20%, tức 40.000.000 đồng |
Cả ba trường hợp đều phải nộp đủ 200.000.000 đồng thuế còn thiếu và có thể phát sinh tiền chậm nộp; khi hải quan truy thu sau kiểm tra, tiền chậm nộp tính từ hạn nộp gốc đến ngày truy thu. Bảng trên chỉ so phần tiền phạt, tức phần chênh lệch có thể tránh được. Cùng một sai sót, khai bổ sung sớm khác khai bổ sung muộn tới 20.000.000 đồng, và khác để hải quan tự tìm ra tới 40.000.000 đồng.
Hồ sơ phải lưu và quyền khi bị kiểm tra
Người khai hải quan phải lưu hồ sơ trong 5 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai (điểm đ khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan 54/2014/QH13), khớp đúng thời hiệu kiểm tra. Bộ hồ sơ gồm tờ khai, hợp đồng, hóa đơn thương mại, vận đơn, chứng từ thanh toán và các chứng từ liên quan đến trị giá, xuất xứ. Hồ sơ lưu có hệ thống còn giúp doanh nghiệp tự rà soát và khai bổ sung đúng mốc trước khi bị kiểm tra.
Khi đoàn kiểm tra yêu cầu chứng từ, doanh nghiệp có nghĩa vụ cung cấp đầy đủ, kịp thời, đồng thời có quyền giải trình và cung cấp tài liệu làm rõ trước khi có kết luận. Chỉ nộp hồ sơ tối thiểu vì sợ bị bắt lỗi thường khiến đoàn kiểm tra suy luận bất lợi hơn là chủ động giải trình. Nếu không đồng ý với kết luận, doanh nghiệp có quyền khiếu nại theo trình tự và thời hạn luật định.
Việc cần làm
- Ghi rõ trong sổ tay nội bộ cái gì đã ban hành (Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực từ 1/2/2026, Nghị định 273/2026/NĐ-CP) và cái gì chưa áp dụng (cửa khẩu thông minh, hệ thống tổng thể, Điều 17a), để không ai áp dụng nhầm.
- Với doanh nghiệp có nhiều nhà máy hoặc chi nhánh, rà lại nơi làm thủ tục nhập nguyên liệu theo Thông tư 121/2025/TT-BTC và chọn nơi hợp với luồng hàng.
- Đếm số lần phải nộp bổ sung hồ sơ trong quý này, đếm lại quý sau, rồi so sánh để biết thủ tục giảm thật hay chỉ giảm trên giấy.
- Lưu hồ sơ của từng tờ khai đủ 5 năm kể từ ngày đăng ký, theo một cấu trúc thư mục cố định, kể cả với lô hàng đi luồng xanh.
- Đặt một lịch rà soát tờ khai ngay sau thông quan; sai sót nào phát hiện thì khai bổ sung trong 60 ngày và trước khi có quyết định kiểm tra.
- Phân công một người nhận yêu cầu của đoàn kiểm tra, để chứng từ được cung cấp đủ và nhanh, kèm bản giải trình trước khi có kết luận.
- Hỏi đại lý hải quan hoặc cơ quan hải quan nơi làm thủ tục khi chưa chắc một chỉ tiêu có được khai bổ sung hay không.
